二館，原是舊花蓮工務段、警務段，是負責花東鐵道的保養維護和治安的單位。
這兩單位的木造建築都建於1946年，房屋構造幾乎都用卡榫接合。工務段展示著一些舊的枕木與以前辦公室的樣貌；其中，負責軌道接片、房舍鐵件等的打鐵工房，建於1923年，裡面還有當時的打鐵爐、水箱等設備，彷彿重現那段熾熱爐火的歲月。

警務段辦公室，改為展示中心，老式的電話、餐盒、制服、臂章、車票，這些陳舊的展示品，讓人彷彿進入了時光隧道。旁邊有一間的拘留所，當時東線鐵道一般的刑事案件，大部份為小偷、交通違規者、製造車禍者等，外觀是水泥建築，內是兩間有為著鋼條的房間，可見戒備還森嚴。
二館區內有個幫浦，炎熱的夏天，遊客都喜歡來此汲水消暑，附近的木造廁所，雖經整修，因為是古蹟，只供參觀！